L'Archivio di stato di Siracusa venne istituito come Archivio provinciale nel 1846 in esecuzione della legge organica sugli archivi del 1° agosto 1843 che prevedeva la creazione in ogni provincia del Regno delle Due Sicilie di un Istituto posto alle dipendenze del Segretario dell'Intendenza, in cui dovevano conservarsi le carte appartenenti alle antiche giurisdizioni e amministrazioni provinciali e comunali. Nei decenni successivi cominciarono a confluire nella sede originaria di Noto e in quella suppletiva di Siracusa in primi importanti fondi, come quelli del Senato e del Decurionato di Siracusa, unitamente alle carte dell’amministrazione di altri comuni della provincia. A partire dalla seconda metà dell’Ottocento le amministrazioni del Regno d’Italia versarono prima gli archivi di quelle borboniche ormai cessate, come l’Intendenza della Valle di Noto e Siracusa e la Gran Corte Criminale, poi le carte di Prefettura, Preture, Tribunali e Stato Civile. Nel corso del Novecento si sono aggiunti altri fondi di eccezionale importanza come quelli delle Corporazioni Religiose Soppresse e dei Catasti Borbonico e post unitario.
A questi si sono aggiunti anche cospicui archivi di famiglie nobiliari della zona – Gaetani Specchi, Landolina Interlandi Pizzuti, Bonanno di Linguaglossa e, da ultimo, Starrabba di Rudinì, depositato dalla Società di Storia Patria di Siracusa – e quello del naturalista avolese Giuseppe Bianca.
